Cienciano

O clube foi fundado em 1901, originalmente como o time da faculdade de ciências da Universidade de Cusco. Em 1947, Cienciano enfrentou pela primeira vez um time de fora de Cusco. Esse ano recebeu a visita do Universitario de Deportes com seu melhor jogador, Teodoro Fernández.

Primeira participação internacional

Em 2002 Cienciano participou pela primeira vez de um torneio continental, a Copa Libertadores, esteve no grupo com Grêmio do Brasil, 12 de Octubre do Paraguai e Oriente Petrolero da Bolívia. Cienciano venceu todos os jogos em casa, o que o ajudou a se classificar para as oitavas de final, fase em que foi eliminado pelo América do México.

Títulos continentais

Durante sua história, o clube teve muitos altos e baixos, tendo um maior reconhecimento internacional ao vencer o River Plate da Argentina na decisão da Copa Sul-Americana em 2003. No ano seguinte, venceu mais uma equipe argentina, o Boca Juniors, numa disputa válida por outro título continental, a Recopa Sul-Americana. O Cienciano é por enquanto o único time peruano a ser campeão de uma competição internacional, apesar de nunca, em toda sua história, ter vencido o Campeonato Peruano de Futebol.

Torneo Clausura 2006

Em dezembro de 2006, Cienciano foi proclamado campeão do Torneo Clausura ao derrotar o Universitario por 2 a 1 no Estádio Mansiche de Trujillo. Isso o fez jogar a final contra o Alianza Lima. A primeira final, disputada no estádio Garcilaso de la Vega, foi vencida pelo Cienciano por 1 a 0. No entanto, o segundo jogo foi perdido por 3 a 1.

Crise e rebaixamento

Em 2009 a equipe terminou no meio da tabela e não conseguiu se classificar para um torneio internacional. Em 2010, o time passou por uma crise econômica, estava prestes a ir para a segunda divisão, mas uma vitória na última rodada o salvou. No ano seguinte, a equipe começou bem, porém na segunda parte do torneio houve uma briga interna entre o técnico Marcelo Trobbiani e Julio García, pelo que Trobbiani deixou o clube e Carlos Daniel Jurado foi nomeado o novo técnico. Nessa segunda parte, Cienciano somou apenas doze pontos, razão pela qual terminou no oitavo lugar do campeonato, sem chance de estar num torneio internacional em 2012.

Em 2015, o time fez uma péssima campanha, chegando a ter até três treinadores ao longo do torneio, além de sofrer uma crise econômica, tudo isso fez com que o time do Cusco fosse rebaixado para a segunda divisão.