O FC Brno Sub21 é um clube de futebol tcheco sediado em Brno. Fundado em 1913 com o nome de SK Židenice, o clube mudou seu nome para FC Zbrojovka Brno em 1948. Em 1993, após a dissolução da Checoslováquia, o clube foi renomeado para FC Brno.

A equipe Sub21 do FC Brno compete na Liga Tcheca Sub21, a segunda divisão do futebol tcheco. O clube também tem uma equipe Sub19 que compete na Liga Tcheca Sub19.

O FC Brno Sub21 nunca venceu a Liga Tcheca Sub21, mas foi vice-campeão em duas ocasiões. O clube também venceu a Copa da Tchéquia Sub21 uma vez, em 2007.

Alguns jogadores notáveis que passaram pelo FC Brno Sub21 incluem:

* Petr Čech (goleiro do Chelsea e da seleção tcheca)
* Jan Koller (atacante do Borussia Dortmund e da seleção tcheca)
* Marek Jankulovski (lateral-esquerdo do Milan e da seleção tcheca)
* Libor Sionko (meio-campista do Sparta Praga e da seleção tcheca)
* David Lafata (atacante do Sparta Praga e da seleção tcheca)

O FC Brno Sub21 é um clube com uma longa tradição e uma forte base de fãs. O clube é conhecido por produzir jogadores talentosos que frequentemente seguem para grandes clubes na República Tcheca e no exterior.