O FK Fortuna Skopje é um clube de futebol macedônio, da cidade de Skopje, fundado em 1922. Realiza seus jogos em casa no Estádio Kalamarija.
O clube foi fundado em 1922 como FK Hermes. Em 1930, mudou seu nome para FK Fortuna Skopje. Em 1945, o clube foi dissolvido, mas foi refundado em 1948.
O Fortuna Skopje conquistou o Campeonato Macedônio uma vez, em 1947. Também conquistou a Copa da Macedônia duas vezes, em 1948 e 1983.
O clube participou da Liga dos Campeões da UEFA uma vez, em 1995-96. Foi eliminado na primeira fase, após sofrer uma derrota de 3-0 para o Celtic.
O Fortuna Skopje também participou da Liga Europa da UEFA duas vezes, em 1998-99 e 2009-10. Foi eliminado nas duas ocasiões na primeira fase.
O clube atualmente joga na Primeira Liga da Macedônia do Norte.
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