A Seleção Sub-21 de Honduras é a seleção de Honduras em níveis competitivos de até 21 anos. A equipe é filiada à Confederação de Futebol da América do Norte, Central e Caribe (CONCACAF).
A seleção fez sua estreia em 1998, no Torneio Pré-Olímpico da CONCACAF, onde terminou em sexto lugar. Em 2008, a equipe conquistou seu primeiro título, ao vencer o Campeonato Sub-20 da CONCACAF. Em 2012, a seleção terminou em terceiro lugar no Campeonato Sub-20 da CONCACAF, garantindo uma vaga para a Copa do Mundo FIFA Sub-20 de 2013.
A seleção Sub-21 de Honduras também participou dos Jogos Olímpicos de Verão de 2008 e 2012, mas não conseguiu passar da primeira fase em nenhuma das duas edições.
Alguns jogadores notáveis que representaram a seleção Sub-21 de Honduras incluem: Anthony Lozano, Alberth Elis, Brayan Beckeles, Andy Najar e Edwin Rodríguez.
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