Missolonghi é um clube de futebol grego, sediado na cidade de Missolonghi, na Grécia Ocidental. Atualmente participa da Gamma Ethniki, a 3ª divisão do futebol grego.
O clube foi fundado em 1928 com o nome de AEL Missolonghi e adotava as cores azul e branco em seu uniforme. Poucos anos depois, em 1930, o clube se fundiu com o Archytas Missolonghi e adotou o nome de Ethnikos Missolonghi, além de alterar as cores de seu uniforme para vermelho e branco.
Em 1964, o clube passou a se chamar Panachaiki Missolonghi e, em 1972, adotou o nome atual, Missolonghi.
O Missolonghi nunca conquistou títulos nacionais, mas tem algumas conquistas regionais, como a Copa da Grécia Ocidental, vencida em 3 ocasiões.
O clube também tem uma rivalidade histórica com o Panetolikos, clube da cidade vizinha de Agrínio.
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