Carl Zeiss Jena II é uma equipe de futebol alemã com sede em Jena, Turíngia. É a equipe reserva do FC Carl Zeiss Jena e joga na NOFV-Oberliga Süd, a quinta divisão do sistema de futebol alemão.

O clube foi fundado em 1966 como SG Dynamo Jena II e era a equipe reserva do SG Dynamo Jena, um clube de futebol da Alemanha Oriental. A equipe nunca jogou na primeira divisão da Alemanha Oriental, mas ganhou a FDGB-Pokal, a copa nacional da Alemanha Oriental, em 1980.

Após a reunificação da Alemanha em 1990, o SG Dynamo Jena II foi renomeado para FC Carl Zeiss Jena II. A equipe jogou na terceira divisão alemã até 2000, quando foi rebaixada para a quarta divisão. Em 2009, a equipe foi promovida para a terceira divisão, mas foi rebaixada novamente em 2012.

O Carl Zeiss Jena II joga seus jogos em casa no Ernst-Abbe-Sportfeld, que também é o estádio do FC Carl Zeiss Jena. O estádio tem capacidade para 12.990 pessoas.

As cores do clube são azul e branco. O brasão do clube é um escudo dividido em duas metades. A metade superior é azul e contém as letras "CZJ" em branco. A metade inferior é branca e contém uma bola de futebol preta.