O FC Tallinn U21 é um time de futebol estoniano com sede em Tallinn. É a equipe reserva do FC Tallinn, que joga na Meistriliiga, a primeira divisão do futebol estoniano. O FC Tallinn U21 joga na Esiliiga B, a segunda divisão do futebol estoniano.

O FC Tallinn U21 foi fundado em 2016. O time terminou em terceiro lugar na Esiliiga B em sua primeira temporada, e foi promovido à Esiliiga em 2017. O FC Tallinn U21 terminou em oitavo lugar na Esiliiga em 2017, e foi rebaixado para a Esiliiga B em 2018. O FC Tallinn U21 voltou à Esiliiga em 2019, e terminou em nono lugar naquele ano.

O FC Tallinn U21 é um time jovem e promissor. O time tem uma série de jogadores talentosos, e é provável que se torne um time de destaque no futebol estoniano nos próximos anos.